En 2019, une équipe de chercheurs de l’université d’Aalborg a lancé un projet ambitieux visant à recenser exhaustivement les espèces microbiennes présentes sur l’ensemble du territoire danois. Cette démarche, comparable à celle menée au XVIIIe siècle pour la flore végétale, s’appuie sur le séquençage génomique pour cartographier la biodiversité invisible des eaux, sols, sédiments et espaces verts du pays. Les résultats, publiés fin 2025, dévoilent une richesse microbienne insoupçonnée, notamment dans des milieux terrestres jusqu’ici peu explorés.
Un projet d’envergure pour une biodiversité inconnue
Ce projet, surnommé « Microflora danica », s’inscrit dans la continuité historique de la Flora danica initiée en 1752 par le roi Frédéric V. Là où Flora danica avait pour objet d’inventorier les plantes scandinaves, Microflora danica se concentre sur les micro-organismes, invisibles à l’œil nu et essentiels à la santé des écosystèmes. Plus de 10 000 échantillons ont été prélevés dans des environnements variés : littoraux, forêts, tourbières, prairies, champs cultivés et zones urbaines. L’objectif étant de comprendre la composition et l’abondance des communautés microbiennes selon les milieux et les influences anthropiques.
Un aperçu inédit des écosystèmes microbiens terrestres
Jusqu’ici, la majorité des recherches microbiologiques s’étaient concentrées sur le microbiome humain ou marin, laissant les milieux terrestres largement sous-évalués. Ce biais limitait la compréhension des facteurs naturels et des impacts humains sur la biodiversité microbienne. Grâce à un séquençage massif et comparatif basé sur une région génomique commune à tous les micro-organismes, les chercheurs ont pu identifier précisément les espèces présentes dans chaque échantillon et estimer leur abondance relative.
Des espèces pour l’essentiel inédites
Les résultats sont impressionnants : plus de 141 000 espèces de bactéries ont été détectées, ainsi que 12 447 espèces de champignons microscopiques, microalgues et protozoaires. Plus de 80 % d’entre elles n’avaient jamais été répertoriées auparavant. Cette découverte souligne que le patrimoine microbien terrestre reste largement méconnu, même dans des pays disposant d’infrastructures scientifiques avancées.
« Ces chiffres révèlent une biodiversité microbienne insoupçonnée qui constitue un réservoir essentiel à l’équilibre des écosystèmes, mais aussi une source potentielle pour la biotechnologie et la médecine », explique le microbiologiste Jens Mikkelsen, impliqué dans le projet.
Une ressource ouverte pour la communauté scientifique
Les données génomiques issues du projet Microflora danica ont été mises à disposition en accès libre, permettant ainsi à la communauté scientifique internationale d’exploiter ces informations sans restriction. Ce partage favorisera de nouvelles recherches sur la dynamique microbienne, l’impact des changements environnementaux, ou les interactions microbe-sol-plante. Il offrira aussi un outil inédit pour la surveillance écologique et la gestion durable des écosystèmes.
Selon la biologiste environnementale Anne-Christine Larsen, « cette base de données ouverte est une avancée considérable pour la recherche collaborative et la compréhension globale des fonctions écologiques des microbes ».
Perspectives et enjeux futurs
La cartographie de la Microflora danica ouvre la voie à une nouvelle ère d’études écologiques intégrant pleinement l’écosystème microbien. En explorant comment ces micro-organismes interagissent avec leur environnement et réagissent aux pressions anthropiques, les chercheurs pourront mieux anticiper les effets du changement climatique et des activités humaines. Ce travail fondamental renforce aussi la prise de conscience de la valeur des biodiversités cachées, souvent négligées dans les politiques environnementales.
En résumé, ce projet illustre l’importance de poursuivre le décryptage des mondes invisibles qui régissent la vie terrestre, avec des bénéfices potentiels pour la conservation, la santé et le développement durable.
